Có nhiều tranh cãi về thành phần dinh dưỡng cũng như tác dụng của yến sào.
Trong một số tài liệu được cung cấp bởi các nhà phân phối yến sào, tổ yến được cho là có nhiều thành phần dinh dưỡng quý hiếm, điển hình là một số loại protein và axit amin như amide, humin, arginine, cystine, histidine, and lysin. Ngoài ra, tổ yến còn được cho là chứa các khoáng chất như canxi, sắt, kali, phốt pho và magie. Về tác dụng của tổ yến, một số tài liệu cho rằng tổ yến giúp bổ phổi, cường thân, tăng cường hệ miễn dịch, đẩy nhanh quá trình tái tạo tế bào, giúp người bệnh nhanh phục hồi, thậm chí còn hỗ trợ bệnh nhân AIDS chống lại virus HIV.
Ngược lại, một số tài liệu khác phủ nhận tác dụng của tổ yến, thậm chí còn lên án việc sử dụng tổ yến và cho rằng giá của tổ yến bị đẩy lên cao chỉ vì sự khan hiếm của nó cũng như sự ngộ nhận của người tiêu dùng. Với thực tế tổ yến chính là nước dãi của chim yến cô đọng, nhiều người cho rằng thực chất tổ yến không có giá trị dinh dưỡng gì đáng kể, bởi nước bọt của động vật chủ yếu chỉ bao gồm nước, muối, các loại men (enzyme), và có thể có thêm một số khuẩn vi sinh.[4] Trên tờ tạp chí "American Journal of the Medical Sciences", năm 1999 có một bài viết về việc tổ yến chứa thạch tín khiến người dùng bị ngộ độc.[5] Với việc chưa có một tổ chức hay một nhà khoa học uy tín nào tiến hành thí nghiệm, phân tích và công bố tác dụng của tổ yến, một số bác sĩ nổi tiếng khuyên bệnh nhân của mình không nên sử dụng tổ yến khi đang mang thai vì nghi ngờ chất lượng của nó.[6] Ngoài ra, các nhà nghiên cứu về động vật cho rằng sự tiêu thụ tổ yến là nguyên nhân chính làm sụt giảm số lượng của loài chim này
Tuy nhiên nhiều tài liệu của các nhà sản xuất yến sào và các nhà khoa học nghiên cứu về tác dụng của yến sào cho rằng đây là loại thực phẩm giàu dinh dưỡng.
Yến sào chứa hàm lượng protein cao (khoảng 50-60% tùy thuộc địa điểm khai thác) gồm 18 loại axit amin, 31 nguyên tố vi lượng cần thiết cho sự phát triển của trẻ và bồi dưỡng cho người già, 7 loại đường (carbohydrat) thiết yếu. Trong tự nhiên có khoảng 200 loại đường nhưng chỉ có 8 loại đường là tham gia vào các chức năng của cơ thể người, 7 trong số đó được tìm thấy trong yến sào.
Nhiều nghiên cứu về tác dụng của yến sào đối với sức khỏe đã chỉ ra rằng yến sào có thể kích thích tăng trưởng tế bào và biểu bì, giúp sửa chữa các tế bào bị tổn thương và tăng cường hệ thống miễn dịch. Gần đây, một số carbohydrat bao gồm axit sialic và các hợp chất glycoconjugate (phức liên hợp của chuỗi oligosaccarid với protein và lipid) được phát hiện trong yến sào là những hợp chất tham gia vào các tương tác ligand – receptor sinh học quan trọng. Các nghiên cứu cũng cho thấy yến sào có thể vô hiệu hóa virus cúm trong các tế bào và ức chế sự ngưng kết hồng cầu của virus cúm trong hồng cầu của người, gia cầm và lợn. Khả năng này có được do dư lượng của chuỗi đường syalyl trong yến sào và được cải thiện đáng kể khi được xử lý với enzyme tuyến tụy pancreatin F có chứa protease để thủy phân các glycoprotein thành các glycopeptide.
Hiện nay yến sào đang được nghiên cứu điều trị nhiễm HIV-AIDS vì nó kích thích sinh trưởng những tế bào bạch cầu có tác dụng sinh kháng thể. Yến sào cũng được khuyên dùng cho bệnh nhân ung thư sau xạ trị, bệnh nhân sau mổ giúp cơ thể phục hồi nhanh.
Theo đông y, yến sào vị ngọt tính bình vào hai kinh phế và vị nên có tác dụng làm sạch phổi, tăng đề kháng với siêu vi, các bệnh cảm cúm và triệu chứng dị ứng. Vì thế trong trường hợp phòng cúm A/H1N1, nếu có điều kiện có thể cho người già và trẻ nhỏ dùng. Khác với các loại thực phẩm thông thường, yến sào ăn lúc nào cũng được.
Sau đây sẽ nói rõ hơn thành phần và chức năng có trong yến sào (xin lưu ý là hàm lượng được cung cấp sau đây chỉ mang tính tham khảo do hàm lượng chất thay đổi ít nhiều tùy theo loại yến và địa điểm khai thác yến sào).
_Protein (50-60%), đạm cao nhưng lượng mỡ (lipit) là rất thấp (~0%).
_Các axit amin :
+Glycine (1.99%) tốt cho da.
+Valine (4.12%) chữa lành tế bào cơ và hình thành tế bào mới.
+Leucine (4.56%) điều chỉnh hàm lượng đường trong máu.
+Isoleucine (2.04%) phục hồi sức khỏe.
+Threonine (2.69%) rất tốt cho hoạt động gan, tăng cường hệ miễn dịch và thúc đẩy cơ thể hấp thụ mạnh các dưỡng chất.
+Methionine (0.46%) hỗ trợ chống viêm khớp, tốt cho cơ bắp.
+Proline (5.27%) và axit aspartic (4.69%) tăng trưởng và phục hồi các mô, cơ, da và tế bào.
+Phenylalanine (4.50%) bồi bổ não và tăng cường trí nhớ.
+Histidine (2.09%) giúp cơ thể phát triển và liên kết mô cơ bắp.
+Lysine (1.75%) tăng khả năng hấp thụ canxi, giúp cho xương chắc khỏe, chống lão hóa cột sống.
+Tyrosine (3.58%) có tác dụng phục hồi nhanh khi cơ thể bị nhiễm xạ hay tổn thương hồng cầu.
+Cystein (0.49%) tăng cường trí nhớ, tăng dẫn truyền xung thần kinh, tăng hấp thu vitamin D từ ánh sáng mặt trời.
+ Trytophan (0.7%) ngăn ngừa ung thư.
+Các axit amin khác: alanin (1.4%), serine (1.87%), axit glutamic (3.6%).
_Carbohydrates (20-30%):
+fucose (0.7%) và galactose (16.9%) tác động đến sự phát triển của não bộ và các tế bào thông tin liên lạc.
+N-acetylglucosamine (5.3%) giúp phục hồi sụn bao khớp trong các trường hợp thoái hóa khớp.
+N-acetylgalactosamine (7.3%) liên quan đến chức năng của khớp thần kinh, sự liên kết giữa các tế bào thần kinh và nếu thiếu hụt có thể gây ra ảnh hưởng nghiêm trọng đến bộ nhớ.
+N-acetylneuraminic acid (axit sialic) (8.6%) phục hồi nhanh khi cơ thể bị nhiễm xạ hay tổn thương hồng cầu, tăng cường khả năng miễn dịch, đẩy lùi vi khuẩn, virus.
_Các khoáng chất cần thiết cho cơ thể : Fe (27.9%), canxi
+Cu (5.87%), Zn (1.88%), brom, mangan: có lợi cho thần kinh và trí nhớ.
+Crom: kích thích tiêu hóa.
+Selen: chống lão hóa, chống phóng xạ.